此时外太空的大战早已结束，星球上的黑云再次像王宇他们初来乍到时一样无踪无影。
在王宇看不到的深海之下，亚特兰蒂斯文明的数百座城市早已成为海底废墟，不留一处避难所……
在废墟之上的海洋里还有数万台机甲战士巡弋着，搜寻可能存在的幸存者，并将其击毙。
“第47机甲中队报告，没有发现幸存者。”
“第13机甲中队报告，C区域搜索完毕，没有发现幸存者。”
“第689机甲中队报告，城市下方发现疑似避难所的气室，但里面除了尸体什么也没留下来。”
“嗯，应该是被洛伦斯之耀的附加辐射杀死了，这片区域没有幸存者了，搜索其它地方。”
游弋在海底的圣殿机甲群来回扫描着可能藏匿幸存者的地形，但收获甚微。
如果王宇能听到这些部队间的通讯，就会发现他们很奇怪……他们对自己犯下的屠杀罪孽毫无感觉，交流之间不带任何感情。
与正常人相比，他们更似一群包着人类外皮的机器人！
也许是舰队的饱和式轰炸及其突然的时机，幸存者几乎没有。
机甲部队也找到不少地下隧道与疑似避难所的气室，但都没有发现里面有人。
“全部听令，没有发现幸存者，返航！”
最终，指挥官在反复搜索后，下令返航回舰队。
几个小时后，与异形战斗中吃了不小亏的圣殿舰队在回收深入海洋的机甲部队后，终于启程返航了。
徒留一个满目疮痍的“宜居星球”……
然而圣殿舰队没有发现的是，亚特兰蒂斯人经营这颗星球千年之久，怎么可能没有点自己的东西呢？
……
早在王宇等人的科考舰队抵达外层空间时，他们安放在水面上的天眼就已经看到了，于是事先便预备启动了“种子计划”。
即武力抵抗与外交谈判双失败后，利用他们贯穿全球海底的海底矿洞，将其抽空海水改造为一个个避难所等待梅菲斯特的降临毁灭，能使他们留下文明的火种。
一开始误以为外交胜利的他们，暂缓了种子计划，然而至高拉达突然而至的警报将亚特兰蒂斯高层从梦中惊醒，还在笑望外太空舰队与异形厮杀的他们无不一脸懵逼……
还没来得及转移他们的“种子”，外太空的那道绿色光束便穿透大气层，降临在浅海地区……其造成的冲击之力甚至“掀开”了距离落点最近城市的天穹系统。
300万人还没来得及逃进避难所便窒息在深海之中。
重新启动的种子计划刚刚开始，第二发来自地狱的幽光便降临在首都亚特兰蒂斯市附近。
接踵而至的便是太空舰队各级主炮的连番轰炸，一个个亚特兰蒂斯城市在轰炸中毁灭，无数活生生的人类没有死在异形之下，反而丧命于自己的同胞之手。
然而，就算圣殿机甲部队的搜索在怎么严谨，也总有“漏网之鱼”……
距离首都亚特兰蒂斯市西南方向三百公里的一处原海底矿洞内，一群幸存者正瑟瑟发抖的躲在被改装为避难所的一个个小型房间里，等待命运的审判。
“咚咚！咔！”
“啊啊啊……”
“不要吵！小声一点！”
每一次发生震动或者大的声响，都会在这个狭小的避难所里引发一声声低吟的尖叫声。
他们很害怕，甚至都不知道外面是什么东西在猎杀他们……因为他们只是一群9到18岁的孩子。
当时只听到尖锐的防空警报声响，他们便被自己的家长、老师、大街上巡逻的军队抓进了一辆大巴，然后进入了他们以前从未使用过的避难所。