在原版电影中，军方或者说军方支持的源代码项目是仅次于炸弹客的第二大反派。
而在最后快结尾的剧情中，甚至隐隐有暗示设计出源代码的博士也许才是最大boss，他甚至期望会发生更多恐怖袭击，这才能有源代码项目更大的发挥余地。
在源代码项目负责人看来，男主纯粹是个工具人，在执行完追踪炸弹客的任务后，还想删除男主的记忆，让他在之后的任务中继续发光发热。
最终是男主说服了女军官，让她冒着上军事法庭的风险违反上级命令，使男主角在现实世界中残存的身体陷入死亡的安眠，男主的意识也因此能在源代码创造的平行世界中获得自由。
很显然把军方或者至少是与军方有密切联系的源代码项目设置成反派在汉化版是绝对行不通的。
所以最后那一段女军官不惜抗命，给予男主角肉体死亡的剧情是不得不删掉的。
其实陈景行发自内心的认为删掉更好，素未谋面的女军官为了男主角，不惜上军事法庭也要违抗命令，动机太过牵强，你对别的国家发动战争的时候也没见有圣母来抗命啊，这个设定太过违和。
不是不能大发善心，但原版电影铺垫显然是不足的。
在陈景行拍的这一版本中，共和国军方与男主角自始至终都是站在同一立场的。
在最开始之所以女军官对男主语焉不详，回避问题，不愿透露真相，是怕男主意识到自己已经死亡后，影响到他的大脑机能，进而让源代码的运行出现问题。
而随着男主情绪的不稳定，和在源代码世界中逐渐接近真相后，女军官请示上级后还是把一切真相向男主和盘托出了。
而军方也没有抹除男主记忆，让其继续当工具人的想法，毕竟男主是空军飞行员，因一次训练坠机身亡，已经被追赠为烈士，如果不是实在走投无路且关乎百万民众生命安全，军方其实是不愿意启动源代码让烈士不得安息的。
毫无疑问，这样改的话会让电影在后期少了一些矛盾冲突。
那么矛盾冲突就要在别的地方补回来。
陈景行在与编剧小组讨论后，决定要从恐怖组织身上把矛盾冲突补回来。
这个恐怖组织叫什么？在哪里？通通留白。
只设定该组织最终执行这起连环恐怖袭击的成员共有三人。
而且三人都在这辆列车上，等待着最终死亡的降临。
这样一来，男主角在源代码世界中追捕真凶的过程将会分成三段戏，也会产生三倍于原版的冲突。
当男主自以为抓到在列车上放置炸弹的真凶后，这个真凶透露自己只是恐怖组织的其中一个成员，他只负责放置炸弹，但如何停止列车上炸弹的倒计时他并不知道，而且列车上还有其他的成员，他们之间有不同分工，但从来没见过彼此。
这个消息让男主及背后的军方都极为震惊，在军方的配合下，男主又在列车上找到了第二个恐怖组织成员，在逼问下，此人说出了停止列车炸弹倒计时的密码，但他只负责给列车炸弹设置倒计时，城市中的放射性爆炸装置并不是他放置的，那颗炸弹的详细信息只有组织内在列车上的第三个人才知道。
而且这第三个人正是他的上线，也是整个恐怖事件的策划负责人。
随后男主在偶然的机会下突然发现到了真相，原来他意识附身的这个历史老师就是最大boss，他自己就是恐怖组织在这辆列车上的第三个人！
原来我才是真凶！
这个反转引发的戏剧矛盾足够填补原版中主角与军方之间的冲突剧情，且绰绰有余。