但喘息归喘息，机会是很少的了。因为黄巾军的竖敌面太广了，它面对的敌人，不仅仅是庞大的东汉军队，而且还有各地豪强的大小武装，他们面对的是整个地主豪强阶层的疯狂的镇压，因此这喘息，也仅仅是瞬间的喘息罢了。
洛阳又下诏，调整皇甫蒿北上东郡，朱儁则进攻南阳的赵弘，而以董卓代替了卢植。
就在这个时候，用同样宗教形式的“五斗米道”，在巴郡起兵叛乱，“五斗米师”张修，是张道陵的后代，他率众攻下了巴郡。形成一个割据的势力，但没有被汉王朝所重视。
朱儁与荆州刺吏徐璆和泰颉，带领着大军围攻着赵弘，但连续攻打了三个多月，赵弘仍然坚守着南阳。京城里又出现了谣言了，说朱儁作战不力。幸有张温上表为朱儁说情，汉灵帝方才同意再看一看。
朱儁知情后急了，他怕成为第二个卢植，他想尽了计谋，终于击杀了赵弘，韩忠在众人的推举下又当了统帅。但朱儁已攻入了南阳城，韩忠只得退守了内城。
这时南阳的黄巾军，士气极度的低迷，只得向汉军请降，但朱儁认为，如果接受投降的话，百姓们是不是都会认为参加黄巾军有利可图，打不过也就是投降罢了。因此他不接受黄巾军的投降，一直把南阳的黄巾军逐击了北门，一路追杀了几十里，斩杀了一万多人，南阳黄巾军又推孙夏为首；但再次败走，汉军追至西鄂精山，又斩杀了孙夏及以下一万多人，宛城一带的黄巾军便被平定。
于是，所有的汉军和地主豪强的武装，便都汇集到了广宗。
皇甫蒿于8月到达东郡仓亭，大破并生擒了卜已梁，而董卓却被张角杀得大败而回。
但所有的汉军和地主武装却围了上来，而张角也已经身染了重病，由张梁指挥着军队。黄巾军与汉军拉锯般地互攻着。
那一天，皇甫蒿、袁绍、袁术等，突然听到黄巾军营里爆发了冲天的哭声，他们一开始还不知是怎么回事，但很快获报，是张角病死了。他们岂能放过如此良机，便各自召集了大军，向黄巾军营，发动了全面的进攻。张梁首战便阵亡了，有三万多名黄巾军被斩杀，有五万多人投河而死。
接着，张宝也随即于曲阳兵败阵亡，他麾下有十多万名黄巾军将士被杀害。至此，黄巾军便被消灭殆尽了。
汉军及地主武装的众将领，来到了尚未来得及下葬的张角的棺材前，令人打开了棺材。
棺材中的张角，虽然已死了多日，但面色丝毫未改，一如常人。汉军众将领，只有皇甫蒿在阵前见过张角，其余人却没有见过张角，因此都在往前挤着，都想看看张角究竟长得什么样。
只见棺材中的张角，面色红润，五络长髯飘在了胸前，但气息却是全然没有了。
突然，棺中的张角睁开了双眼，他的灵厉的目光扫视着面前的众人，众人被吓得直往后退着。
张角的目光，扫过了皇甫蒿，扫过了曹操、刘备、袁绍、袁术、公孙瓒、孙坚等，突然开口说起了话来。
“你们都要遭报应的。”张角说。
“报应！”曹操和孙坚大笑了起来：“来世吧？”
“不，你们说错了，是今世！你们等着吧！”张角说完便缓缓地闭上了眼睛。
皇甫蒿下令，把棺木中的张角割下了首级，然后把肢体剁成了碎块。张角的首级被送到了洛阳。
众多大将都班师回朝了，洛阳朝廷一、一给他们封了官。于是，有场轰轰烈烈的黄巾起义，仅仅九个月，便被各种各样的武装势力所击溃了。但是击溃的不仅仅是黄巾军，轰然倒下的还有东汉王朝。