《孢子》的世界观相对而言其实是一个相对简单的故事，游戏机制才是最大的设计难点。
一款游戏里面要包含多种玩法类型：
1、孢子阶段
2、野兽阶段
3、部落阶段
4、文明阶段
5、星际阶段
这五种阶段相互之间还需要有联系和递进，上一个阶段的某些属性或者能力要集成到下个阶段的初始，在每个阶段的过程中也需要有多次进化，不过这里的每次进化不像是一般的游戏里面有等级成长然后分配属性点，主要还是依靠每个阶段特殊的设定。
在孢子阶段，也就是游戏的最开始，所有的玩家扮演的是一个单细胞动物，出生在海洋之中，然后通过不断的吞噬来获得成长。在成长的过程中可以获得不同的组建，比如嘴器——一种进食器官，有三种，分别是素食嘴器，肉食嘴器，和杂食嘴器。杂食嘴器的获得难度最大，毕竟很难获取。
角色的速度由鞭毛、脊等几种，最重要的是攻击型器官，有电击囊、刺针、嘴钳、毒囊等多种。玩家需要操作角色来吞噬其他的动物或者是植物，然后获得成长，最终让自己的组件越来越多，角色也就越来越强，等到阶段的最后，就可以操作角色从海洋中走出来，走上陆地，进入野兽阶段。
第二个阶段是野兽阶段，玩法就已经不是那么单一了。玩家根据自己的在海洋生物时候的一些器官来决定这个时候的野兽性质，比如肉食性动物肯定具有很强的攻击型，而素食性动物则是拥有社交属性。不同的属性玩法是不一样的，可以对其他不同类型的生物攻击或者是攻略。这里攻略是通过一些社交行为达成一定的友好度，从而将其变为自己的“小弟”。
玩家操纵的野兽需要不断的攻略或者灭杀其他的族群来获得他们的特殊器官，不断的强化自己。攻击方式有多种多样，如喷射攻击、撕咬攻击、冲撞攻击等，其中喷射攻击就是继承自海洋生物时代的毒液囊器官。而取悦其他的生物同样也可以获得他们族群的特殊器官，取悦的方式自然也分为多种，有唱歌啊，跳舞啊，散播诱惑气息等。每个生物的种群有多个，必须要攻略超过五个甚至更多才能获取他们的特殊器官。